藥理、皮膚并衛(wèi)生事業(yè)管理等65個盛校級研究所。編輯出版的國家級及面向全國發(fā)行的期刊有《安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報》、《中國藥理學(xué)通報》、《臨床與實驗病理學(xué)雜志》、《疾病控制雜志》等15種。近5年來，學(xué)校共承擔(dān)“863”、“973”計劃、國家科技支撐計劃和國家自然科學(xué)基金項目等121項。國家自然科學(xué)基金立項數(shù)近年來保持安徽百所省屬高校領(lǐng)先地位。學(xué)校3次獲得中華醫(yī)學(xué)科技獎一等獎，獲中華醫(yī)學(xué)科技獎科普獎1項。在《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》、《自然遺傳學(xué)》等國際著名SCI刊物連續(xù)發(fā)表發(fā)現(xiàn)銀屑并紅斑狼瘡和麻風(fēng)病易感基因論文，在復(fù)雜疾病易感基因研究上居國內(nèi)領(lǐng)先水平。
學(xué)校同德國、瑞典、美國、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區(qū)的高等院校開展了密切的交流，雙方互派專家學(xué)者、互派學(xué)生、相互交流信息資料、共同開展科研合作。目前學(xué)校與歐洲、美洲國家的主要合作項目有：歐盟第六次框架合作項目、中美艾十字項目、中加農(nóng)村衛(wèi)生服務(wù)利用檢測和評價項目。學(xué)校選派中青年骨干教師和優(yōu)秀學(xué)生赴瑞典卡羅林斯卡學(xué)院、德國烏爾姆大學(xué)和海德堡大學(xué)、加拿大大不列顛哥倫比亞大學(xué)等著名高校進(jìn)修、攻讀博士學(xué)位，同時也接收國外友好學(xué)校的學(xué)生來我校見習(xí)。