《醫(yī)學(xué)源流論》是一部集中反映徐大椿醫(yī)學(xué)思想的論著，其中有大量篇幅集中反映了徐氏的辯證用藥觀。有關(guān)元?dú)鈱W(xué)說的論述、辨病與辯證、病與主癥、病與主方、方與主藥的關(guān)系，亡陰亡陽(yáng)之分辨，重視藥性專能，提倡溯源治學(xué)，反對(duì)濫用溫補(bǔ)等觀點(diǎn)對(duì)后世頗有影響。

他在《源流論》里以很大的篇幅論述了元?dú)夂蜕�命以及疾病的關(guān)系,并專門寫了“元?dú)獯嫱稣摗钡恼撐�。認(rèn)為元?dú)庠隗w內(nèi)首先是一種生理狀態(tài)和活動(dòng)支柱,亦即功能表現(xiàn)和物質(zhì)基礎(chǔ);若機(jī)體受到創(chuàng)傷后,它在體內(nèi)可產(chǎn)生一種免疫功能;若元?dú)馐軗p或衰竭,則表示疾病的預(yù)后不良乃至死亡等等。故在治療一切疾病時(shí), 都要以保護(hù)元?dú)夂屯炀仍獨(dú)鉃楦�本的前提。他認(rèn)為元?dú)獍�括元陰元�?yáng)兩個(gè)方面。腎之真水是元陰,命門之火是為元陽(yáng), 陰陽(yáng)相貫, 水火既濟(jì), 生化之機(jī)才會(huì)永恒不息。“命門為元?dú)庵��? 真火之宅, 一陽(yáng)居二陰之間, 熏育之主,而五臟之陰氣非此不能滋, 五臟之陽(yáng)氣非此不能發(fā)。”在治療用藥時(shí), 元陽(yáng)不足患者定慎升提發(fā)散之品; 元陰不足患者, 慎用辛熱香燥傷陰耗津之劑。這一系列論述, 增添了醫(yī)者對(duì)元?dú)�、命門更深刻的理論研究, 長(zhǎng)期的臨床觀察, 詳盡闡明了命門的實(shí)質(zhì)以及元?dú)夂退�的關(guān)系。

他在《源流論》里強(qiáng)調(diào)臨床醫(yī)學(xué)的規(guī)范化思想，認(rèn)為“醫(yī)者必能實(shí)指其何名,遵古人所主何方,加減何藥,自有法度可循。乃不論何病,總以陰虛陽(yáng)虛等籠統(tǒng)之談概之,而試以籠統(tǒng)不切之藥,然亦竟有愈者,或其病本輕,適欲自愈;或偶有一二對(duì)癥之藥,亦奏小效,皆屬誤治”批評(píng)某些醫(yī)生“惟記方數(shù)首,擇時(shí)尚之藥數(shù)種,不論何病何癥,總以此塞責(zé),偶爾得效,自以為功。其或無效,或至于死,亦諉于病勢(shì)之常”徐氏在強(qiáng)調(diào)規(guī)范化的同時(shí),并未否定靈活性的重要性�！安∮薪�(jīng)有緯,有常有變,有純有雜,有整有亂,并有從古醫(yī)書所無之病,歷來無治法者 ,而其病又實(shí)可愈”。在沒有陳法可守的情況下,醫(yī)生應(yīng)當(dāng)發(fā)揮主觀的創(chuàng)造性,運(yùn)用巧思奇法, “然后天下之病,千緒萬端,而我之設(shè)法亦千變?nèi)f化,全在平時(shí)于極難極險(xiǎn)處參悟通澈 ,而后能臨事不�！�。這種來自個(gè)人體悟、高度靈活的技巧,在臨床實(shí)踐中具有獨(dú)特的價(jià)值,是任何規(guī)范無法全部包容或完全替代的。

徐氏對(duì)于方藥的配伍運(yùn)用也很有見解,他堅(jiān)決反對(duì)那種不顧病人具體病情動(dòng)輒用猛烈之藥截邪氣或以峻補(bǔ)之藥遏制邪氣而取得一時(shí)療效的做法，反對(duì)不辨虛實(shí)濫用補(bǔ)藥，他認(rèn)為用藥之力除考慮其寒熱溫涼補(bǔ)瀉之性外，還要考慮其氣、味、色、質(zhì)、形及所生之地，以其偏性調(diào)和臟腑；他還強(qiáng)調(diào)方和藥有密切的關(guān)系 ,但方和藥不能混為一談。如果“按病用藥,藥雖切中,而立方無法,謂之有藥無方;或守一方以治病,方雖良善,而其藥有一二味與病不相關(guān)者,謂之有方無藥”。因此,他要求醫(yī)家,在臨床制方遣藥之時(shí),務(wù)必切合病情,作到既守法度,又不拘泥。使所創(chuàng)制之方“分觀之而無藥弗切于病情,合觀之則無方不本于古法”。