南京大學文學院

文學系、語言學系、文獻學系、戲劇影視藝術系、大學語文部

南京大學馬克思主義研究院、中華文化研究院、旭日佛學研究中心、儒學與基督教比較研究中心、中國哲學與宗教文化研究所、猶太文化研究所、現(xiàn)代邏輯與邏輯應用研究所、科學技術與社會研究所、東方哲學與宗教文化研究所、東方道德研究中心

南京大學歷史學院

中國歷史系、世界歷史系、考古文物系

南京大學物理學院

物理學系、現(xiàn)代物理系、光電科學系、聲科學與工程系、基礎物理教學中心

南京大學數(shù)學系

南京大學天文與空間科學學院

天文學系、空間科學系

南京大學地球科學與工程學院

地球科學系、水科學系、地質工程與信息技術系

南京大學大氣科學學院

氣象學系、大氣物理學系

南京大學地理與海洋科學學院

地理信息科學系、海岸海洋科學系、國土資源與旅游學系

南京大學計算機軟件研究所、計算機軟件新技術國家重點實驗室（南京大學）、南京大學計算機應用研究所、南京大學多媒體計算技術研究所、南京大學軟件工程中心（江蘇省軟件工程研究中心）、南京大學信息安全研究所[106]

南京大學電子科學與工程學院

電子工程系、通信工程系、信息電子學系、電子電工實驗教學中心、微電子與光電子學系、微制造與集成工藝中心

南京大學現(xiàn)代工程與應用科學學院

材料科學與工程系、量子電子學與光學工程系、能源科學與工程系、生物醫(yī)學工程系

南京大學新聞傳播學院

新聞與新媒體系、廣播電影電視系、應用傳播系

南京大學商學院

（南京大學經濟學院）

經濟學系、產業(yè)經濟學系、金融與保險學系、國際經濟與貿易系、人口研究所

南京大學商學院

（南京大學管理學院）

工商管理系、會計學系、營銷與電子商務系、人力資源管理學系

南京大學外國語學院

英語系、俄語系、日語系、德語系、法語系、西班牙語系、朝鮮語系、國際商務系

中德法學研究所、中國法律案例研究中心、私法研究所、法典評注研究中心、犯罪預防與控制研究所、住宅政策與不動產法研究中心、經濟法研究所、經濟刑法研究所、紫金知識產權研究中心、商法研究中心等

南京大學生命科學學院

生化系、生物科學與技術系

南京大學政府管理學院

政治學系、行政管理學系、勞動人事與社會保障系

研究中心

南京大學信息管理學院

圖書檔案系、信息管理科學系、出版科學系

南京大學社會學院

社會學系、心理學系、社會工作與社會政策系、河仁社會慈善學院

藝術理論與創(chuàng)意系、美術與設計系、文化藝術教育中心

南京大學化學化工學院

化學系、高分子科學與工程系、化工系

南京大學環(huán)境學院

環(huán)境科學、環(huán)境工程、環(huán)境規(guī)劃與管理

南京大學醫(yī)學院

臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、口腔醫(yī)學

軟件工程系、信息系統(tǒng)工程系、嵌入式技術系

南京大學工程管理學院

管理科學與工程系、控制與系統(tǒng)工程系、光通信工程研究中心、管理-控制一體化實驗教學中心

（基礎學科教育學院）

南京大學建筑與城市規(guī)劃學院

建筑系、城市與區(qū)域規(guī)劃系、南京大學中法城市·區(qū)域·規(guī)劃科學研究中心、南京大學-劍橋大學建筑與城市合作研究中心、南京大學-雪城大學綠色建筑與城市環(huán)境國際研究中心

南京大學海外教育學院

對外漢語、漢語言系、對外漢語系、中外文化研究所、研究生教研室、短期培訓部和對外漢語教學研究與教材研發(fā)中心

高等教育研究所、教育經濟與管理研究所、課程與教學研究所[107]