2009年4月16日，國家稅務(wù)總局以國稅發(fā)〔2009〕79號印發(fā)《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》。該《辦法》共28條，自2009年1月1日起執(zhí)行�！秶�家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發(fā)〔2005〕200號)、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新修訂的〈外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅匯算清繳工作規(guī)程〉的通知》(國稅發(fā)〔2003〕12號)和《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新修訂的〈外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發(fā)〔2003〕13號)予以廢止。

　　以下為《企業(yè)所得稅匯算清繳管理辦法》全文內(nèi)容：

　　第一條為加強企業(yè)所得稅征收管理，進一步規(guī)范企業(yè)所得稅匯算清繳管理工作，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》及其實施條例(以下簡稱企業(yè)所得稅法及其實施條例)和《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則(以下簡稱稅收征管法及其實施細則)的有關(guān)規(guī)定，制定本辦法。

　　第二條企業(yè)所得稅匯算清繳，是指納稅人自納稅年度終了之日起5個月內(nèi)或?qū)嶋H經(jīng)營終止之日起60日內(nèi)，依照稅收法律、法規(guī)、規(guī)章及其他有關(guān)企業(yè)所得稅的規(guī)定，自行計算本納稅年度應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，根據(jù)月度或季度預(yù)繳企業(yè)所得稅的數(shù)額，確定該納稅年度應(yīng)補或者應(yīng)退稅額，并填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報表，向主管稅務(wù)機關(guān)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報、提供稅務(wù)機關(guān)要求提供的有關(guān)資料、結(jié)清全年企業(yè)所得稅稅款的行為。

　　第三條凡在納稅年度內(nèi)從事生產(chǎn)、經(jīng)營(包括試生產(chǎn)、試經(jīng)營)，或在納稅年度中間終止經(jīng)營活動的納稅人，無論是否在減稅、免稅期間，也無論盈利或虧損，均應(yīng)按照企業(yè)所得稅法及其實施條例和本辦法的有關(guān)規(guī)定進行企業(yè)所得稅匯算清繳。

　　實行核定定額征收企業(yè)所得稅的納稅人，不進行匯算清繳。

　　第四條納稅人應(yīng)當(dāng)自納稅年度終了之日起5個月內(nèi)，進行匯算清繳，結(jié)清應(yīng)繳應(yīng)退企業(yè)所得稅稅款。

　　納稅人在年度中間發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷等終止生產(chǎn)經(jīng)營情形，需進行企業(yè)所得稅清算的，應(yīng)在清算前報告主管稅務(wù)機關(guān)，并自實際經(jīng)營終止之日起60日內(nèi)進行匯算清繳，結(jié)清應(yīng)繳應(yīng)退企業(yè)所得稅款;納稅人有其他情形依法終止納稅義務(wù)的，應(yīng)當(dāng)自停止生產(chǎn)、經(jīng)營之日起60日內(nèi)，向主管稅務(wù)機關(guān)辦理當(dāng)期企業(yè)所得稅匯算清繳。

　　第五條納稅人12月份或者第四季度的企業(yè)所得稅預(yù)繳納稅申報，應(yīng)在納稅年度終了后15日內(nèi)完成，預(yù)繳申報后進行當(dāng)年企業(yè)所得稅匯算清繳。

　　第六條納稅人需要報經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審批、審核或備案的事項，應(yīng)按有關(guān)程序、時限和要求報送材料等有關(guān)規(guī)定，在辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報前及時辦理。

　　第七條納稅人應(yīng)當(dāng)按照企業(yè)所得稅法及其實施條例和企業(yè)所得稅的有關(guān)規(guī)定，正確計算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額，如實、正確填寫企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表，完整、及時報送相關(guān)資料，并對納稅申報的真實性、準(zhǔn)確性和完整性負法律責(zé)任。

　　第八條納稅人辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報時，應(yīng)如實填寫和報送下列有關(guān)資料：

　　(一)企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表;

　　(二)財務(wù)報表;

　　(三)備案事項相關(guān)資料;

　　(四)總機構(gòu)及分支機構(gòu)基本情況、分支機構(gòu)征稅方式、分支機構(gòu)的預(yù)繳稅情況;

　　(五)委托中介機構(gòu)代理納稅申報的，應(yīng)出具雙方簽訂的代理合同，并附送中介機構(gòu)出具的包括納稅調(diào)整的項目、原因、依據(jù)、計算過程、調(diào)整金額等內(nèi)容的報告;

　　(六)涉及關(guān)聯(lián)方業(yè)務(wù)往來的，同時報送《中華人民共和國企業(yè)年度關(guān)聯(lián)業(yè)務(wù)往來報告表》;

　　(七)主管稅務(wù)機關(guān)要求報送的其他有關(guān)資料。

　　納稅人采用電子方式辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報的，應(yīng)按照有關(guān)規(guī)定保存有關(guān)資料或附報紙質(zhì)納稅申報資料。

　　第九條納稅人因不可抗力，不能在匯算清繳期內(nèi)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報或備齊企業(yè)所得稅年度納稅申報資料的，應(yīng)按照稅收征管法及其實施細則的規(guī)定，申請辦理延期納稅申報。

　　第十條納稅人在匯算清繳期內(nèi)發(fā)現(xiàn)當(dāng)年企業(yè)所得稅申報有誤的，可在匯算清繳期內(nèi)重新辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報。

　　第十一條納稅人在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)結(jié)清應(yīng)補繳的企業(yè)所得稅稅款;預(yù)繳稅款超過應(yīng)納稅款的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)及時按有關(guān)規(guī)定辦理退稅，或者經(jīng)納稅人同意后抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。

　　第十二條納稅人因有特殊困難，不能在匯算清繳期內(nèi)補繳企業(yè)所得稅款的，應(yīng)按照稅收征管法及其實施細則的有關(guān)規(guī)定，辦理申請延期繳納稅款手續(xù)。

　　第十三條實行跨地區(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人，由統(tǒng)一計算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納所得稅額的總機構(gòu)，按照上述規(guī)定，在匯算清繳期內(nèi)向所在地主管稅務(wù)機關(guān)辦理企業(yè)所得稅年度納稅申報，進行匯算清繳。分支機構(gòu)不進行匯算清繳，但應(yīng)將分支機構(gòu)的營業(yè)收支等情況在報總機構(gòu)統(tǒng)一匯算清繳前報送分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)。總機構(gòu)應(yīng)將分支機構(gòu)及其所屬機構(gòu)的營業(yè)收支納入總機構(gòu)匯算清繳等情況報送各分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)。

　　第十四條經(jīng)批準(zhǔn)實行合并繳納企業(yè)所得稅的企業(yè)集團，由集團母公司(以下簡稱匯繳企業(yè))在匯算清繳期內(nèi)，向匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)報送匯繳企業(yè)及各個成員企業(yè)合并計算填寫的企業(yè)所得稅年度納稅申報表，以及本辦法第八條規(guī)定的有關(guān)資料及各個成員企業(yè)的企業(yè)所得稅年度納稅申報表，統(tǒng)一辦理匯繳企業(yè)及其成員企業(yè)的企業(yè)所得稅匯算清繳。

　　匯繳企業(yè)應(yīng)根據(jù)匯算清繳的期限要求，自行確定其成員企業(yè)向匯繳企業(yè)報送本辦法第八條規(guī)定的有關(guān)資料的期限。成員企業(yè)向匯繳企業(yè)報送的上述資料，應(yīng)經(jīng)成員企業(yè)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)審核。

　　第十五條納稅人未按規(guī)定期限進行匯算清繳，或者未報送本辦法第八條所列資料的，按照稅收征管法及其實施細則的有關(guān)規(guī)定處理。

　　第十六條各級稅務(wù)機關(guān)要結(jié)合當(dāng)?shù)貙嶋H，對每一納稅年度的匯算清繳工作進行統(tǒng)一安排和組織部署。匯算清繳管理工作由具體負責(zé)企業(yè)所得稅日常管理的部門組織實施。稅務(wù)機關(guān)內(nèi)部各職能部門應(yīng)充分協(xié)調(diào)和配合，共同做好匯算清繳的管理工作。

　　第十七條各級稅務(wù)機關(guān)應(yīng)在匯算清繳開始之前和匯算清繳期間，主動為納稅人提供稅收服務(wù)。

　　(一)采用多種形式進行宣傳，幫助納稅人了解企業(yè)所得稅政策、征管制度和辦稅程序;

　　(二)積極開展納稅輔導(dǎo)，幫助納稅人知曉匯算清繳范圍、時間要求、報送資料及其他應(yīng)注意的事項。

　　(三)必要時組織納稅培訓(xùn)，幫助納稅人進行企業(yè)所得稅自核自繳。

　　第十八條主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)及時向納稅人發(fā)放匯算清繳的表、證、單、書。

　　第十九條主管稅務(wù)機關(guān)受理納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報表及有關(guān)資料時，如發(fā)現(xiàn)企業(yè)未按規(guī)定報齊有關(guān)資料或填報項目不完整的，應(yīng)及時告知企業(yè)在匯算清繳期內(nèi)補齊補正。

　　第二十條主管稅務(wù)機關(guān)受理納稅人年度納稅申報后，應(yīng)對納稅人年度納稅申報表的邏輯性和有關(guān)資料的完整性、準(zhǔn)確性進行審核。審核重點主要包括：

　　(一)納稅人企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表與企業(yè)財務(wù)報表有關(guān)項目的數(shù)字是否相符，各項目之間的邏輯關(guān)系是否對應(yīng)，計算是否正確。

　　(二)納稅人是否按規(guī)定彌補以前年度虧損額和結(jié)轉(zhuǎn)以后年度待彌補的虧損額。

　　(三)納稅人是否符合稅收優(yōu)惠條件、稅收優(yōu)惠的確認(rèn)和申請是否符合規(guī)定程序。

　　(四)納稅人稅前扣除的財產(chǎn)損失是否真實、是否符合有關(guān)規(guī)定程序�？绲貐^(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人，其分支機構(gòu)稅前扣除的財產(chǎn)損失是否由分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具證明。

　　(五)納稅人有無預(yù)繳企業(yè)所得稅的完稅憑證，完稅憑證上填列的預(yù)繳數(shù)額是否真實�？绲貐^(qū)經(jīng)營匯總繳納企業(yè)所得稅的納稅人及其所屬分支機構(gòu)預(yù)繳的稅款是否與《中華人民共和國企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)分配表》中分配的數(shù)額一致。

　　(六)納稅人企業(yè)所得稅和其他各稅種之間的數(shù)據(jù)是否相符、邏輯關(guān)系是否吻合。　第二十一條主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)結(jié)合納稅人企業(yè)所得稅預(yù)繳情況及日常征管情況，對納稅人報送的企業(yè)所得稅年度納稅申報表及其附表和其他有關(guān)資料進行初步審核后，按規(guī)定程序及時辦理企業(yè)所得稅補、退稅或抵繳其下一年度應(yīng)納所得稅款等事項。

　　第二十二條稅務(wù)機關(guān)應(yīng)做好跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)和合并納稅企業(yè)匯算清繳的協(xié)同管理。

　　(一)總機構(gòu)和匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)在對企業(yè)的匯總或合并納稅申報資料審核時，發(fā)現(xiàn)其分支機構(gòu)或成員企業(yè)申報內(nèi)容有疑點需進一步核實的，應(yīng)向其分支機構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)發(fā)出有關(guān)稅務(wù)事項協(xié)查函;該分支機構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)在要求的時限內(nèi)就協(xié)查事項進行調(diào)查核實，并將核查結(jié)果函復(fù)總機構(gòu)或匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)。

　　(二)總機構(gòu)和匯繳企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)收到分支機構(gòu)或成員企業(yè)所在地主管稅務(wù)機關(guān)反饋的核查結(jié)果后，應(yīng)對總機構(gòu)和匯繳企業(yè)申報的應(yīng)納稅所得額及應(yīng)納所得稅額作相應(yīng)調(diào)整。